Como el clima es la consecuencia de casi todos los elementos y factores geográficos; constituye la causa más importante en la formación de las comunidades vegetales. Las comunidades vegetales del estado presentan una coincidencia con respecto a las diferentes zonas climáticas regionales.
La vegetación de Guanajuato está compuesta principalmente por matorrales crasicaule, micrófilo, rosetófilo y submontano, los pastizales mezquitales y la selva baja caducifolia.
- Pastizales: tempranero, tres barbas, bandereta, colorado, zacatón, navajilla, pasta de gallo, flechilla, búfalo, popotillo, cola de zorro, lanudo y lobero.
- Matorrales y selva baja caducifolia: biznaga, maguey, sotol, garambullo, órgano, guapilla, ocotillo, higuerilla, cuajotilo, joconoxtle, coyotillo, granjero, tronadora, nopal, mezquite, huizache, cazahuate, zapote blanco, vara dulce, gatuño, largoncillo, pepahuaje, palo blanco, pochote, tepame, palma chica y garaballo.
- Bosques: pino, encino, táscate, madroño, pingüica, capulín y pirúl.
Sin embargo, tanto las poblaciones animales como vegetales han estado en ocasiones muertas a presiones ambientales, a cambios genéticos, a aislamientos diversos y, en su mayor parte, al constante acecho y explotación irracional del hombre, quien ha provocado su disminución numérica y, en otros casos, su extinción.
El crecimiento de la población, el uso de nuevas áreas de cultivo, la utilización de otras zonas para la ganadería, la explotación de minerales, la contaminación, la cacería no controlada, etcétera, aceleran el proceso de extinción de plantas y animales.
